Преди пристигането си в България Джонатан Алън е ръководител на отдела за Източна Африка и Големите Езера в мнистерство на външните работи на Великобритания. Преди това основава и ръководи звеното за изследвания, информация и комуникации (междуведомствено комуникационно звено за борба с тероризма) и е бил заместник-директор в международния отдел на министерство на вътрешните работи на Великобритания с ресор присъединяването на България и Румъния към ЕС.
Началото на кариерата на г-н Алън е в областта на европейската интеграция. Той е бил на мисии в Кипър и Брюксел, където е говорител на правителството по времето на Британското председателство на ЕС през 2005 г.
При назначаването си като като посланик на Великобритания в България, г-н Алън каза: „Вълнувам се, че ще бъда посланик в България. Великобритания и България трябва да работят заедно в ЕС, Нато и по много двустранни теми. Готов съм да съдействам на хилядите британски граждани, които идват на почивка в България и на британските фирми, които работят тук. Съпругата ми Лиз и аз с вълнение очакваме да опознаем тази красива страна и да се създаден нови приятелства с българи.”